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Il paesaggio vegetale si estende dai prati di fondovalle e dalle formazioni igrofile riparali fino ai pascoli d'alta quota, passando per tutti gli orizzonti intermedi. La formazione forestale dominante è la pecceta, costituita da abete rosso e raro abete bianco. Tra le latifoglie, l’ontano bianco e il salice caratterizzano le rive dei torrenti mentre sorbi, frassini, aceri e betulle incrementano la biodiversità delle abetaie. Luminosi lariceti lasciano il passo, salendo in quota, alle alnete, ai rodoreti, alle praterie alpine. Il paesaggio delle terre alte è impreziosito da laghi incantevoli, ancora poco conosciuti, come il lago di Torsolazzo, di Torsoleto, di Sonno e di Picol.
La flora della Riserva è quella tipica dei substrati cristallini acidi, ma le zone umide e torbiere, i laghi e i substrati carbonatici consentono l'ingresso di specie endemiche e rare, tra le quali si possono ricordare Aquilegia alpina, Isoetes echinospora, Drosera rotundifolia, Ranunculus trichophyllus e le rare Orchidee Listera cordata e Corallorhiza trifida.
Dal punto di vista faunistico la Riserva Naturale delle Valli di Sant’Antonio ospita numerose specie di pesci, rettili, uccelli, insetti e mammiferi tipici della fauna stanziale alpina, e tra queste spiccano diverse specie indicatrici o sensibili, conservatasi sull’arco alpino soltanto in corrispondenza di situazioni ambientali di ridotto presidio antropico.
La consistenza delle popolazioni selvatiche è ottimale anche per effetto della presenza dell’Azienda Faunistico-Venatoria Belviso-Barbellino, da anni gestita secondo criteri selettivi di seria impostazione scientifica. L’Azienda faunistico-venatoria interessa, per complessivi 11000 ettari, porzioni territoriali delle Province di Brescia, Bergamo e Sondrio e include il SIC e la Riserva Naturale delle Valli di Sant’Antonio. La caccia, riservata ai soli soci, è disciplinata da una regolamentazione che prevede il prelievo di un determinato numero di capi in relazione alla dinamica delle popolazioni animali presenti, censite e monitorate costantemente dalla direzione tecnica dell’Azienda che si avvale di un nucleo di guardie venatorie oltre ad uno staff di biologi che curano gli aspetti zoologici e sanitari delle popolazioni animali presenti. La caccia è vietata all’interno della Riserva Naturale Regionale.
Tra i mammiferi si ricordano camoscio, muflone, capriolo, cervo, marmotta, ermellino, scoiattolo, lepre bianca e lepre comune, tasso, ghiro, riccio, faina e martora. La volpe é facilmente avvistabile, specialmente nel periodo invernale, quando é costretta a lunghi spostamenti in cerca di cibo e facilmente identificabile anche per le inconfondibili tracce sulla neve.

Tra i grandi rapaci é da segnalare l’aquila reale, diffusa la poiana e diversi falchi (principalmente gheppio e smeriglio), preferibilmente avvistabili in corrispondenza delle postazioni di media quota. Presenti anche molti dei rapaci notturni quali gufo comune, gufo reale, civetta nana, allocco.  
Coturnice, pernice bianca, francolino di monte, gallo forcello e, recentemente accertato, il raro gallo cedrone frequentano, con buone densità, gli ambienti forestali meglio conservati, i pascoli alti, i lariceti e le cenge più inaccessibili.
Rettili e anfibi possono essere rinvenuti in stazioni particolari o estreme, i primi preferibilmente sui versanti assolati e rocciosi delle zone meno disturbate dal presidio antropico, comunque in vicinanza d’acqua, i secondi in vicinanza di torbiere, pozze o ristagni d’acqua. L’anfibio più diffuso è Rana temporaria.
Interessante anche la presenza di diverse specie di pipistrelli così come di alcuni insetti, la cui presenza è da ritenersi a volte utile per il mantenimento di buone condizione sanitarie del bosco, come ad esempio Formica rufa.